Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
USF1P22415 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
USF1P22415 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
USF1P22415 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
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