Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC39Q9UFE4 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC39Q9UFE4 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms