Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 SPEG-205ENST00000396698 3379 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC112Q8NEF3 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TBC1D2-201ENST00000342112 3046 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PTBP1-201ENST00000349038 3155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC112Q8NEF3 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.1 ms