Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC32.01■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC32.01■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC32■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC32■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC31.99■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC31.99■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.98■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC31.98■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC31.98■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC31.98■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.96■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC31.95■■■□□ 2.71
CCDC9Q9Y3X0 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC31.94■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC31.93■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC31.92■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC31.89■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CCDC9Q9Y3X0 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC31.87■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC31.84■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC9Q9Y3X0 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms