Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
LIMA1Q9UHB6 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms