Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SMARCAL1Q9NZC9 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SMARCAL1Q9NZC9 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms