Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY59

SMPD3, Sphingomyelin phosphodiesterase 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 655 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD3Q9NY59 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMPD3Q9NY59 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMPD3Q9NY59 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms