Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP28Q96RU2 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP28Q96RU2 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.8 ms