Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHFRQ96EP1 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CHFRQ96EP1 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHFRQ96EP1 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHFRQ96EP1 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms