Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
COPB1P53618 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COPB1P53618 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COPB1P53618 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
COPB1P53618 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26■■□□□ 1.75
COPB1P53618 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
COPB1P53618 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26■■□□□ 1.75
COPB1P53618 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COPB1P53618 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COPB1P53618 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
COPB1P53618 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COPB1P53618 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
COPB1P53618 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COPB1P53618 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COPB1P53618 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COPB1P53618 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COPB1P53618 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COPB1P53618 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COPB1P53618 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COPB1P53618 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COPB1P53618 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COPB1P53618 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COPB1P53618 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COPB1P53618 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COPB1P53618 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COPB1P53618 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
COPB1P53618 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COPB1P53618 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COPB1P53618 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COPB1P53618 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COPB1P53618 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COPB1P53618 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COPB1P53618 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COPB1P53618 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COPB1P53618 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COPB1P53618 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COPB1P53618 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COPB1P53618 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COPB1P53618 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COPB1P53618 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COPB1P53618 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COPB1P53618 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COPB1P53618 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COPB1P53618 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
COPB1P53618 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COPB1P53618 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COPB1P53618 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COPB1P53618 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COPB1P53618 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COPB1P53618 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COPB1P53618 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COPB1P53618 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COPB1P53618 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COPB1P53618 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COPB1P53618 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COPB1P53618 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COPB1P53618 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
COPB1P53618 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
COPB1P53618 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
COPB1P53618 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
COPB1P53618 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
COPB1P53618 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
COPB1P53618 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
COPB1P53618 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
COPB1P53618 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
COPB1P53618 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
COPB1P53618 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms