Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIG1P18858 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LIG1P18858 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIG1P18858 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIG1P18858 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
LIG1P18858 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LIG1P18858 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LIG1P18858 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LIG1P18858 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms