Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 EXOC7-202ENST00000335146 3519 ntTSL 1 (best) BASIC11.17□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-224ENST00000626344 400 ntTSL 5 BASIC11.16□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IDH3B-205ENST00000466999 521 ntTSL 211.16□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FKBP1A-202ENST00000381719 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNAJC7-204ENST00000585693 562 ntTSL 211.16□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UHRF1-205ENST00000620565 3965 ntTSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SCN1B-205ENST00000602150 3461 ntTSL 211.15□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-203ENST00000354785 8905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACAD11-202ENST00000469042 3276 ntTSL 211.13□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHEK1-204ENST00000438015 4153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP47-211ENST00000491439 734 ntTSL 311.11□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DAB1-210ENST00000485760 2668 ntTSL 211.11□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPIP5K1-201ENST00000334933 5586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.1□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPIP5K1-203ENST00000360135 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.1□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPIP5K1-204ENST00000360301 5565 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.1□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPIP5K1-206ENST00000381885 5596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.1□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZSCAN25-209ENST00000485586 4885 ntTSL 211.09□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC012651.1-202ENST00000549793 3223 ntAPPRIS P1 TSL 211.09□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-219ENST00000453663 637 ntTSL 411.09□□□□□ -0.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC108718.1-201ENST00000482382 554 ntTSL 4 BASIC11.08□□□□□ -0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VAPB-204ENST00000475243 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNPC3-206ENST00000531883 686 ntTSL 211.07□□□□□ -0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IGSF11-203ENST00000425327 3525 ntTSL 2 BASIC11.06□□□□□ -0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PHGDH-222ENST00000641587 566 nt11.06□□□□□ -0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EPB41L1-218ENST00000628415 3287 ntTSL 2 BASIC11.03□□□□□ -0.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHEK1-206ENST00000524737 1799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.01□□□□□ -0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UXS1-207ENST00000444193 800 ntTSL 311.01□□□□□ -0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-256ENST00000639394 1988 ntTSL 511.01□□□□□ -0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DENND5B-203ENST00000536562 4291 ntTSL 2 BASIC11□□□□□ -0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOX4-211ENST00000613005 3633 ntTSL 211□□□□□ -0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC23A2-203ENST00000423430 911 ntTSL 511□□□□□ -0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB5C-207ENST00000550504 583 ntTSL 310.99□□□□□ -0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-220ENST00000522771 6984 ntTSL 5 BASIC10.98□□□□□ -0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QPCTL-204ENST00000592769 365 ntTSL 510.96□□□□□ -0.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FRMD4A-206ENST00000477221 495 ntTSL 210.95□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PWWP2A-206ENST00000524050 767 ntTSL 310.95□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C2CD5-201ENST00000333957 4436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HNRNPUL1-211ENST00000597725 573 ntTSL 410.94□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP28-201ENST00000003302 4669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.93□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF589-207ENST00000457782 3658 ntTSL 210.93□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC124944.3-202ENST00000641484 2040 nt10.92□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PHGDH-224ENST00000641711 712 nt10.91□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRAP-201ENST00000025399 1442 ntTSL 2 BASIC10.91□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM157C-204ENST00000570230 2184 ntTSL 5 BASIC10.9□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS53-202ENST00000389040 1903 ntTSL 1 (best)10.9□□□□□ -0.661e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDX27-207ENST00000622530 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AP001619.1-201ENST00000432411 447 ntTSL 3 BASIC10.89□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHEK1-213ENST00000532449 4051 ntTSL 2 BASIC10.88□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLYWCH1-205ENST00000570752 3721 ntTSL 210.88□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF31-211ENST00000559275 3198 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-206ENST00000409385 2320 ntTSL 2 BASIC10.88□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ANKRD42-204ENST00000526731 3230 ntTSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HYOU1-209ENST00000531694 2357 ntTSL 210.86□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYO9A-201ENST00000356056 12411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR59-205ENST00000562371 562 ntTSL 210.85□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPP2R1B-212ENST00000534521 2294 ntTSL 210.85□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CALM2-202ENST00000409563 770 ntTSL 5 BASIC10.84□□□□□ -0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CD44-207ENST00000425428 1768 ntTSL 1 (best)10.83□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PSMD13-214ENST00000534590 787 ntTSL 510.82□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DEAF1-209ENST00000528864 557 ntTSL 410.82□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAF3IP2-AS1-205ENST00000442928 548 ntTSL 4 BASIC10.82□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CD44-201ENST00000263398 4589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.81□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-241ENST00000639835 2130 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.81□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EPB41L1-205ENST00000373946 6327 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.81□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PEPD-207ENST00000590408 433 ntTSL 310.8□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNTTIP1-202ENST00000415790 591 ntTSL 310.8□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR46-232ENST00000444176 968 ntTSL 510.8□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PBRM1-205ENST00000409057 4980 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CD44-210ENST00000434472 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RPL38-201ENST00000311111 1170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PHGDH-212ENST00000641247 710 nt10.79□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-235ENST00000638629 2844 ntTSL 2 BASIC10.78□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LCLAT1-207ENST00000476038 584 ntTSL 310.78□□□□□ -0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMNL3-201ENST00000335154 12634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNPC3-202ENST00000524631 2013 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.76□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZC3HC1-204ENST00000467642 1934 ntTSL 210.75□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPRED2-203ENST00000426832 498 ntTSL 310.75□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-219ENST00000494146 576 ntTSL 410.75□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRDM15-208ENST00000449395 6662 ntTSL 1 (best)10.75□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARHGAP1-206ENST00000528837 1000 ntTSL 510.74□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC009088.1-201ENST00000565152 833 ntBASIC10.73□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC008764.4-204ENST00000595505 400 ntTSL 210.73□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MADD-215ENST00000460452 794 ntTSL 310.72□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BAIAP2-213ENST00000573659 578 ntTSL 410.71□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAGT1-203ENST00000476168 959 ntTSL 210.71□□□□□ -0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM63B-204ENST00000497371 616 ntTSL 510.68□□□□□ -0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-214ENST00000594152 600 ntTSL 510.67□□□□□ -0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOX4-203ENST00000448790 4534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUP85-206ENST00000577645 869 ntTSL 310.65□□□□□ -0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-217ENST00000544742 463 ntTSL 4 BASIC10.65□□□□□ -0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IDH3B-211ENST00000492240 964 ntTSL 510.65□□□□□ -0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RFFL-203ENST00000413582 1217 ntTSL 5 BASIC10.64□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HEXA-215ENST00000569410 1351 ntTSL 510.64□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM161B-203ENST00000503755 582 ntTSL 310.62□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-210ENST00000616174 3257 ntTSL 2 BASIC10.61□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RTFDC1-205ENST00000466260 616 ntTSL 310.6□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CLIC1-210ENST00000616760 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.6□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNX8-207ENST00000479689 560 ntTSL 210.6□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMM50-206ENST00000494795 3248 ntTSL 210.6□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HMBOX1-205ENST00000518080 559 ntTSL 410.59□□□□□ -0.711e-10■■■■■ 107
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