Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 MDH1-202ENST00000409476 808 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MDH1-203ENST00000409908 700 ntTSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EPB41L1-208ENST00000427533 460 ntTSL 311.64□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-207ENST00000454635 910 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIK3CD-201ENST00000361110 3508 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-203ENST00000417025 572 ntTSL 511.63□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP4-205ENST00000431357 2141 ntTSL 511.62□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-231ENST00000638708 2153 ntTSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUP85-220ENST00000583070 907 ntTSL 511.61□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP1MT-204ENST00000518007 509 ntTSL 511.61□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CA5B-203ENST00000380319 652 ntTSL 311.6□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-247ENST00000640679 1816 ntTSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM161B-213ENST00000514135 2035 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-211ENST00000443816 7762 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CENPP-204ENST00000618653 570 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM157C-203ENST00000568070 480 ntTSL 311.59□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CEP104-205ENST00000443466 430 ntTSL 511.59□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL356599.1-204ENST00000452617 938 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TBCD-215ENST00000574818 771 ntTSL 311.58□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-225ENST00000638193 1342 ntTSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-210ENST00000423822 1521 ntTSL 511.57□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-213ENST00000470619 876 ntTSL 411.57□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-238ENST00000635231 578 ntTSL 411.56□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-206ENST00000452739 1044 ntTSL 511.56□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EP400-201ENST00000330386 3908 ntTSL 211.56□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-205ENST00000397637 2880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF6-203ENST00000381588 3706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EXOC7-201ENST00000332065 4596 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UHRF1-207ENST00000624301 3898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHFR-201ENST00000266880 11133 ntTSL 2 BASIC11.51□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IGSF11-208ENST00000489689 3320 ntTSL 2 BASIC11.51□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UHRF1-201ENST00000612630 4309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LVRN-205ENST00000504467 3322 ntTSL 1 (best)11.5□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAD1L1-214ENST00000459731 371 ntTSL 311.5□□□□□ -0.574e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-248ENST00000639006 1507 ntTSL 511.5□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TNIP1-210ENST00000521423 926 ntTSL 511.49□□□□□ -0.572e-7■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL132671.2-201ENST00000467125 930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RPGR-208ENST00000482855 2819 ntTSL 211.48□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-207ENST00000421182 8103 ntTSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLRP2-218ENST00000588107 592 ntTSL 411.47□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG4-201ENST00000323786 2833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.47□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPIP5K1-222ENST00000488490 595 ntTSL 311.46□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG4-203ENST00000482252 2953 ntTSL 211.46□□□□□ -0.578e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF589-201ENST00000354698 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-210ENST00000588892 2582 ntTSL 211.45□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SCN1B-208ENST00000640135 4846 ntTSL 5 BASIC11.45□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRPF40B-204ENST00000527253 742 ntTSL 311.44□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IFT122-211ENST00000504444 464 ntTSL 211.41□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPIP5K1-205ENST00000381879 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.41□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-205ENST00000357867 7898 ntTSL 1 (best) BASIC11.41□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EXOC7-221ENST00000634349 2124 ntTSL 1 (best) BASIC11.41□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-218ENST00000494377 1911 ntTSL 511.41□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-214ENST00000551864 542 ntTSL 511.4□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-210ENST00000421573 600 ntTSL 511.4□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RPGR-203ENST00000378505 4767 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.4□□□□□ -0.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCALD-220ENST00000522078 540 ntTSL 411.39□□□□□ -0.591e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNAH17-205ENST00000587177 1529 ntTSL 511.38□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNU13-202ENST00000355257 1503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LIG1-210ENST00000596332 584 ntTSL 211.37□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM178B-203ENST00000610315 10552 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.37□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM178B-202ENST00000565468 10558 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.37□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL513165.2-202ENST00000541804 1514 ntTSL 1 (best)11.37□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-209ENST00000578801 1264 ntTSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 APEH-212ENST00000469362 830 ntTSL 311.36□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LCP2-203ENST00000519594 858 ntTSL 211.36□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LIMS1-207ENST00000422797 1544 ntTSL 1 (best)11.36□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IDH3B-204ENST00000466494 677 ntTSL 211.35□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BBS5-203ENST00000443151 583 ntTSL 511.35□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMCC1-205ENST00000505616 402 ntTSL 211.34□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GDPD5-211ENST00000531561 449 ntTSL 511.34□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EIF3D-205ENST00000432675 678 ntTSL 211.34□□□□□ -0.598e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SIK2-201ENST00000304987 9678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HERC2P3-205ENST00000428453 4383 ntTSL 211.33□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACAD11-205ENST00000485198 2940 ntTSL 1 (best)11.32□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IK-211ENST00000610522 737 ntTSL 5 BASIC11.32□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHPT1-206ENST00000550385 754 ntTSL 511.31□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXW4-203ENST00000470093 3185 ntTSL 211.3□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL139260.1-201ENST00000433671 630 ntTSL 3 BASIC11.3□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POLR1E-201ENST00000377792 2229 ntTSL 2 BASIC11.29□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CALB1-205ENST00000482702 826 ntTSL 311.29□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAF3IP2-AS1-207ENST00000456352 484 ntTSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAGT1-202ENST00000373336 962 ntTSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-257ENST00000639409 2450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-253ENST00000639109 2734 ntTSL 511.26□□□□□ -0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WASHC2A-204ENST00000399339 4323 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PHLPP1-203ENST00000497351 572 ntTSL 411.23□□□□□ -0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GDPD1-206ENST00000581276 1055 ntTSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LRRFIP1-211ENST00000478958 2869 ntTSL 1 (best)11.22□□□□□ -0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG4-211ENST00000564415 3000 ntTSL 511.22□□□□□ -0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LCLAT1-204ENST00000465200 582 ntTSL 311.21□□□□□ -0.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCKAP1L-208ENST00000552211 597 ntTSL 511.2□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EIF3D-202ENST00000402116 581 ntTSL 311.2□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NSL1-202ENST00000366977 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.19□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OMA1-201ENST00000371226 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.19□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GPATCH2-201ENST00000366934 3218 ntTSL 1 (best) BASIC11.19□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PBRM1-201ENST00000296302 5145 ntTSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RBM19-202ENST00000392561 3574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LCP2-207ENST00000522760 962 ntTSL 211.17□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EIF3L-210ENST00000464790 583 ntTSL 311.17□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-213ENST00000481273 3436 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.17□□□□□ -0.628e-6■■■■■ 107
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