Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms