Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
LIG1P18858 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIG1P18858 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIG1P18858 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms