Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.1 ms