Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
VPS39Q96JC1 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms