Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
MSX1P28360 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms