Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 120 ms