Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CUX1P39880 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
CUX1P39880 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CUX1P39880 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
CUX1P39880 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CUX1P39880 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
CUX1P39880 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CUX1P39880 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CUX1P39880 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CUX1P39880 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CUX1P39880 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms