Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXC9P31274 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms