Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
VPS4AQ9UN37 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms