Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77 ms