Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX2P35548 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX2P35548 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
MSX2P35548 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX2P35548 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
MSX2P35548 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 PTBP1-201ENST00000349038 3155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 PDP1-201ENST00000297598 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
MSX2P35548 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SPEG-205ENST00000396698 3379 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
MSX2P35548 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms