Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LIG1P18858 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
LIG1P18858 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
LIG1P18858 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC19.27■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LIG1P18858 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LIG1P18858 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms