Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIMD1Q9UGP4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMD1Q9UGP4 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms