Protein–RNA interactions for Protein: Q9P0L0

VAPA, Vesicle-associated membrane protein-associated protein A, humanhuman

Predictions only

Length 249 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAPAQ9P0L0 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VAPAQ9P0L0 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VAPAQ9P0L0 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
VAPAQ9P0L0 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms