Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.7■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN3AQ9NY46 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN3AQ9NY46 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms