Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
KLHL28Q9NXS3 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
KLHL28Q9NXS3 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
KLHL28Q9NXS3 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms