Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
DDX28Q9NUL7 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.6 ms