Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
EXOSC4Q9NPD3 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
EXOSC4Q9NPD3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms