Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP41Q3LFD5 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
USP41Q3LFD5 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP41Q3LFD5 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.7 ms