Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC36.56■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.56■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.56■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC36.55■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC36.55■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC36.55■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC36.53■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC36.51■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC36.51■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC36.51■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC36.51■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC36.51■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC36.51■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC36.51■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC36.5■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC36.5■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC36.5■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC36.5■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC36.5■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.5■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC36.49■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.48■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.47■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.46■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC36.46■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC36.46■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
TCOF1Q13428 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC36.44■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.43■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.43■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC36.43■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.43■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC36.42■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.42
TCOF1Q13428 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC36.38■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC36.37■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC36.36■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC36.35■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC36.33■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC36.33■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
TCOF1Q13428 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC36.31■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC36.31■■■■□ 3.4
TCOF1Q13428 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
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