Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
COL7A1Q02388 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC17.41■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
COL7A1Q02388 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms