Protein–RNA interactions for Protein: P02458

COL2A1, Collagen alpha-1(II) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,487 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL2A1P02458 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL2A1P02458 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL2A1P02458 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL2A1P02458 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL2A1P02458 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms