Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms