Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
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