Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-217ENST00000521404 1426 ntTSL 1 (best)17.25■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXL5-208ENST00000510802 532 ntTSL 517.23■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABGGTA-205ENST00000558534 753 ntTSL 317.22■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMNL1-207ENST00000587856 4919 ntTSL 217.22■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TPRA1-210ENST00000490290 841 ntTSL 317.21■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-205ENST00000461568 1531 ntTSL 1 (best)17.2■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MOB2-206ENST00000531976 3174 ntTSL 1 (best)17.18■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-248ENST00000503180 527 ntTSL 417.16■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-210ENST00000550774 545 ntTSL 417.16■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARAP1-218ENST00000543868 507 ntTSL 217.15■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED20-202ENST00000394251 531 ntTSL 417.15■□□□□ 0.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DENND6A-202ENST00000464875 420 ntTSL 217.14■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NBAS-209ENST00000485694 1798 ntTSL 217.13■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF6-204ENST00000468480 1105 ntTSL 1 (best)17.12■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CUL9-212ENST00000508656 882 ntTSL 517.12■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MIR503HG-201ENST00000414769 720 ntTSL 217.12■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYB5R1-205ENST00000482572 863 ntTSL 517.11■□□□□ 0.339e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-212ENST00000589429 525 ntTSL 417.11■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF31-209ENST00000559071 1943 ntTSL 217.1■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TNK2-221ENST00000489628 1220 ntTSL 517.09■□□□□ 0.334e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 HEATR6-209ENST00000592664 573 ntTSL 417.09■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HEATR6-210ENST00000593097 648 ntTSL 317.09■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.338e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACCS-202ENST00000524990 563 ntTSL 417.05■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLOD3-206ENST00000454310 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 517.05■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP28-208ENST00000540438 3015 ntTSL 217.04■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ADCK1-203ENST00000393639 1225 ntTSL 217.04■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AMPD2-217ENST00000528270 588 ntTSL 417.04■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SF3B3-215ENST00000577085 529 ntTSL 417.03■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NSL1-205ENST00000487995 685 ntTSL 217.02■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.328e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LIMS1-210ENST00000449684 492 ntTSL 517.01■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENTPD4-211ENST00000523958 2026 ntTSL 217.01■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLXND1-214ENST00000512744 2662 ntTSL 1 (best)17■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C1orf159-208ENST00000442117 554 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.99■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NPTN-206ENST00000563753 599 ntTSL 216.96■□□□□ 0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERGIC1-209ENST00000520642 539 ntTSL 416.94■□□□□ 0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-220ENST00000497957 713 ntTSL 316.94■□□□□ 0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OGG1-211ENST00000425665 930 ntTSL 316.94■□□□□ 0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC90B-201ENST00000260054 1688 ntTSL 216.92■□□□□ 0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BTBD10-209ENST00000529708 616 ntTSL 516.92■□□□□ 0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC90B-215ENST00000529745 1053 ntTSL 316.91■□□□□ 0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.299e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 BTBD10-202ENST00000525108 1139 ntTSL 516.89■□□□□ 0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL20RB-202ENST00000469964 1887 ntTSL 216.87■□□□□ 0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-269ENST00000640335 964 ntTSL 516.83■□□□□ 0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRPF40B-211ENST00000551063 531 ntTSL 416.82■□□□□ 0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STT3A-210ENST00000527606 569 ntTSL 416.81■□□□□ 0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CNOT6L-207ENST00000515441 572 ntTSL 416.81■□□□□ 0.282e-15■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAGH-204ENST00000564445 864 ntTSL 316.78■□□□□ 0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLOT2-204ENST00000577789 2503 ntTSL 516.77■□□□□ 0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZFR-204ENST00000505366 1159 ntTSL 1 (best)16.76■□□□□ 0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATG5-209ENST00000636335 1219 ntTSL 516.76■□□□□ 0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARID5A-202ENST00000412735 2038 ntTSL 1 (best)16.76■□□□□ 0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C7orf50-205ENST00000444428 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 316.75■□□□□ 0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RIPOR1-213ENST00000566522 592 ntTSL 516.73■□□□□ 0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRPT1-205ENST00000536234 1748 ntTSL 316.71■□□□□ 0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DEAF1-202ENST00000524786 475 ntTSL 416.7■□□□□ 0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDX19A-203ENST00000561574 577 ntTSL 416.7■□□□□ 0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLOT2-206ENST00000580805 2679 ntTSL 516.7■□□□□ 0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC1A4-204ENST00000493121 766 ntTSL 516.7■□□□□ 0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CDK8-205ENST00000536792 3032 ntTSL 1 (best)16.67■□□□□ 0.268e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1341.4 ms