RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000449684.6

LIMS1-210, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 5

Gene LIMS1, Length 492 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-210ENST00000449684 NISCHQ9Y2I1 1504 aa37.9■■■■□ 3.66
LIMS1-210ENST00000449684 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa33.8■■■■□ 3
LIMS1-210ENST00000449684 ABCC9O60706 1549 aa33.47■■■□□ 2.95
LIMS1-210ENST00000449684 DCAF8L2P0C7V8 631 aa32.04■■■□□ 2.72
LIMS1-210ENST00000449684 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa32.03■■■□□ 2.72
LIMS1-210ENST00000449684 NACADO15069 1562 aa31.9■■■□□ 2.7
LIMS1-210ENST00000449684 MYO15BQ96JP2 1530 aa31.54■■■□□ 2.64
LIMS1-210ENST00000449684 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP31.47■■■□□ 2.63
LIMS1-210ENST00000449684 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa31.29■■■□□ 2.6
LIMS1-210ENST00000449684 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP31.27■■■□□ 2.6
LIMS1-210ENST00000449684 UNC13AQ9UPW8 1703 aa31.21■■■□□ 2.59
LIMS1-210ENST00000449684 BICRAQ9NZM4 1560 aa30.98■■■□□ 2.55
LIMS1-210ENST00000449684 DNAJC5BQ9UF47 199 aa30.95■■■□□ 2.55
LIMS1-210ENST00000449684 SCRIBQ14160 1630 aa30.89■■■□□ 2.54
LIMS1-210ENST00000449684 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa30.66■■■□□ 2.5
LIMS1-210ENST00000449684 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP30.24■■■□□ 2.43
LIMS1-210ENST00000449684 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa30.22■■■□□ 2.43
LIMS1-210ENST00000449684 CECR2Q9BXF3 1484 aa30.11■■■□□ 2.41
LIMS1-210ENST00000449684 SMARCA4P51532 1647 aa29.47■■■□□ 2.31
LIMS1-210ENST00000449684 NCAPD3P42695 1498 aa29.42■■■□□ 2.3
LIMS1-210ENST00000449684 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP29.42■■■□□ 2.3
LIMS1-210ENST00000449684 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa29.4■■■□□ 2.3
LIMS1-210ENST00000449684 SMARCA2P51531 1590 aa29.38■■■□□ 2.29
LIMS1-210ENST00000449684 HMGXB3Q12766 1538 aa29.23■■■□□ 2.27
LIMS1-210ENST00000449684 MROH2BQ7Z745 1585 aa29.2■■■□□ 2.26
LIMS1-210ENST00000449684 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP29.19■■■□□ 2.26
LIMS1-210ENST00000449684 PEG3Q9GZU2 1588 aa29.13■■■□□ 2.25
LIMS1-210ENST00000449684 ERCC6Q03468 1493 aa28.94■■■□□ 2.22
LIMS1-210ENST00000449684 WIZO95785 1651 aa28.89■■■□□ 2.21
LIMS1-210ENST00000449684 NESP48681 1621 aa28.83■■■□□ 2.21
LIMS1-210ENST00000449684 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP28.77■■■□□ 2.2
LIMS1-210ENST00000449684 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa28.71■■■□□ 2.19
LIMS1-210ENST00000449684 CUX2O14529 1486 aa28.66■■■□□ 2.18
LIMS1-210ENST00000449684 CADPSQ9ULU8 1353 aa28.6■■■□□ 2.17
LIMS1-210ENST00000449684 PDS5BQ9NTI5 1447 aa28.6■■■□□ 2.17
LIMS1-210ENST00000449684 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP28.55■■■□□ 2.16
LIMS1-210ENST00000449684 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa28.46■■■□□ 2.15
LIMS1-210ENST00000449684 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP28.41■■■□□ 2.14
LIMS1-210ENST00000449684 CFTRP13569 1480 aa28.32■■■□□ 2.12
LIMS1-210ENST00000449684 MRC2Q9UBG0 1479 aa28.27■■■□□ 2.12
LIMS1-210ENST00000449684 CEP164Q9UPV0 1460 aa28.27■■■□□ 2.12
LIMS1-210ENST00000449684 FANCD2Q9BXW9 1451 aa28.27■■■□□ 2.12
LIMS1-210ENST00000449684 CCDC88BA6NC98 1476 aa28.24■■■□□ 2.11
LIMS1-210ENST00000449684 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa28.18■■■□□ 2.1
LIMS1-210ENST00000449684 WDR62O43379 1518 aa28.14■■■□□ 2.1
LIMS1-210ENST00000449684 PRDM2Q13029 1718 aa28.05■■■□□ 2.08
LIMS1-210ENST00000449684 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP27.97■■■□□ 2.07
LIMS1-210ENST00000449684 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP27.96■■■□□ 2.07
LIMS1-210ENST00000449684 ABCC8Q09428 1581 aa27.77■■■□□ 2.04
LIMS1-210ENST00000449684 TOPBP1Q92547 1522 aa27.75■■■□□ 2.03
LIMS1-210ENST00000449684 DNMBPQ6XZF7 1577 aa27.69■■■□□ 2.02
LIMS1-210ENST00000449684 IFT140Q96RY7 1462 aa27.68■■■□□ 2.02
LIMS1-210ENST00000449684 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP27.56■■■□□ 2
LIMS1-210ENST00000449684 OSCARQ8IYS5 282 aa27.51■■□□□ 1.99
LIMS1-210ENST00000449684 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP27.5■■□□□ 1.99
LIMS1-210ENST00000449684 SOGA1O94964 1423 aa27.44■■□□□ 1.98
LIMS1-210ENST00000449684 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP27.43■■□□□ 1.98
LIMS1-210ENST00000449684 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP27.42■■□□□ 1.98
LIMS1-210ENST00000449684 CUX1P39880 1505 aa27.41■■□□□ 1.98
LIMS1-210ENST00000449684 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP27.4■■□□□ 1.98
LIMS1-210ENST00000449684 FGD5Q6ZNL6 1462 aa27.4■■□□□ 1.98
LIMS1-210ENST00000449684 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa27.4■■□□□ 1.98
LIMS1-210ENST00000449684 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP27.33■■□□□ 1.97
LIMS1-210ENST00000449684 FBLN2P98095 1184 aa27.28■■□□□ 1.96
LIMS1-210ENST00000449684 TRIM41Q8WV44 630 aa27.23■■□□□ 1.95
LIMS1-210ENST00000449684 WDR97A6NE52 1622 aa27.22■■□□□ 1.95
LIMS1-210ENST00000449684 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP27.18■■□□□ 1.94
LIMS1-210ENST00000449684 CHD1O14646 1710 aa27.15■■□□□ 1.94
LIMS1-210ENST00000449684 GRIN2BQ13224 1484 aa27.13■■□□□ 1.93
LIMS1-210ENST00000449684 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa27.13■■□□□ 1.93
LIMS1-210ENST00000449684 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP27.11■■□□□ 1.93
LIMS1-210ENST00000449684 TOP2BQ02880 1626 aa27.1■■□□□ 1.93
LIMS1-210ENST00000449684 GAPVD1Q14C86 1478 aa27.1■■□□□ 1.93
LIMS1-210ENST00000449684 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa27.1■■□□□ 1.93
LIMS1-210ENST00000449684 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa27.08■■□□□ 1.93
LIMS1-210ENST00000449684 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP27.07■■□□□ 1.92
LIMS1-210ENST00000449684 SYNJ1O43426 1573 aa27.06■■□□□ 1.92
LIMS1-210ENST00000449684 PBRM1Q86U86 1689 aa27.01■■□□□ 1.92
LIMS1-210ENST00000449684 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa27■■□□□ 1.91
LIMS1-210ENST00000449684 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa27■■□□□ 1.91
LIMS1-210ENST00000449684 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa27■■□□□ 1.91
LIMS1-210ENST00000449684 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa26.98■■□□□ 1.91
LIMS1-210ENST00000449684 SYNJ2O15056 1496 aa26.98■■□□□ 1.91
LIMS1-210ENST00000449684 ARHGEF11O15085 1522 aa26.96■■□□□ 1.91
LIMS1-210ENST00000449684 CYB5RLQ6IPT4 315 aa26.85■■□□□ 1.89
LIMS1-210ENST00000449684 CLASP1Q7Z460 1538 aa26.81■■□□□ 1.88
LIMS1-210ENST00000449684 ERICH3Q5RHP9 1530 aa26.78■■□□□ 1.88
LIMS1-210ENST00000449684 ADAMTS12P58397 1594 aa26.77■■□□□ 1.88
LIMS1-210ENST00000449684 FHAD1B1AJZ9 1412 aa26.77■■□□□ 1.88
LIMS1-210ENST00000449684 GRIN2AQ12879 1464 aa26.76■■□□□ 1.87
LIMS1-210ENST00000449684 ARAP1Q96P48 1450 aa26.71■■□□□ 1.87
LIMS1-210ENST00000449684 KIF27Q86VH2 1401 aa26.66■■□□□ 1.86
LIMS1-210ENST00000449684 NUP160Q12769 1436 aa26.62■■□□□ 1.85
LIMS1-210ENST00000449684 CEP170Q5SW79 1584 aa26.62■■□□□ 1.85
LIMS1-210ENST00000449684 IGF1RP08069 1367 aa26.55■■□□□ 1.84
LIMS1-210ENST00000449684 CUL7Q14999 1698 aa26.48■■□□□ 1.83
LIMS1-210ENST00000449684 TRHP20396 242 aaPredicted RBP26.48■■□□□ 1.83
LIMS1-210ENST00000449684 JPH4Q96JJ6 628 aa26.45■■□□□ 1.82
LIMS1-210ENST00000449684 ERCC6L2Q5T890 1561 aa26.43■■□□□ 1.82
LIMS1-210ENST00000449684 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa26.43■■□□□ 1.82
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