Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 BNIP3P29-201ENST00000598302 571 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CUX1P39880 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CUX1P39880 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CUX1P39880 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CUX1P39880 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms