Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
NUP54Q7Z3B4 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms