Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms