Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms