Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
KLHL28Q9NXS3 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56 ms