Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX1P28360 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
MSX1P28360 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms