Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ABCA7-201ENST00000263094 6816 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SEC63-201ENST00000369002 6411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SRD5A2-201ENST00000622030 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PITPNM3-201ENST00000262483 7086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PPP1R26-204ENST00000604351 4640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC13.53□□□□□ -0.24
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