Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HIF3AQ9Y2N7 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms