Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCAL1Q9NZC9 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms