Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
DDX56Q9NY93 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
DDX56Q9NY93 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
DDX56Q9NY93 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
DDX56Q9NY93 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms