Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP40Q9NVE5 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP40Q9NVE5 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
USP40Q9NVE5 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP40Q9NVE5 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms